康达学院基础医学部成立于2014年，是学院主要教学机构之一，其主要职责是承担学院基础医学及相关课程的教学管理与组织实施，并协助学院有关职能部门做好所属教研室及实验中心的学科和师资队伍建设、教学计划与教学大纲的制定与修订、教学与科研实验室建设、科研管理，以及学院和有关职能部门部署的其他工作。

基础医学部现有学系1个（人体解剖学系）、教研室9个（组织胚胎学教研室、医学细胞与遗传学教研室、病原生物学与免疫学教研室、病理学教研室、生物化学与分子生物学教研室、药理学教研室、生理学教研室、病理生理学教研室、科普宣传教研室）及基础医学实验教学中心；现有教职工50人，其中教师26人，实验技术人员19人，学生工作处5人。基础医学部在南京医科大学基础医学院的指导和协助下承担全院的医学基础课教学工作，目前开设了30余门课程，每年承担约20800课时的教学任务。

基础医学部自成立以来，在学院的有力领导及有关职能部门支持配合下，积极开展师资队伍建设和人才培养，制定教学管理规章制度，在保障教学工作有序平稳运行的前提下，注重强化教学管理，在新教师试讲、集体备课、管理部门和专家听课及教师观摩等教学活动，以及教师和实验技术员适应岗位、一专多能等方面不断进行新的尝试，为保障教学秩序、提高教学质量打下较好的基础。